確定申告を行うと、所得税から還付を受けられ住民税から一定額が控除されます。
ワンストップ特例制度の場合は、所得税の還付はなく住民税の減税のみの控除となります。
どちらで申請をしても合計金額は同じです。

ワンストップ特例制度の場合
寄付金控除すべて（約10割）：翌年度の住民税の減額（控除）

確定申告の場合
寄付金控除の一部（約1割）：本年度分の所得税の還付（口座へ振込）　
残り（約9割）：翌年度の住民税の減額（控除）

※その他、控除がある場合（住宅ローン控除等）は上記と相違する可能性があります。詳しくは、最寄りの税務署等にお問い合わせください。